Когда правительственные организации лучше всего характеризуются словом "темные", нужно полагать, что эксперименты над которыми они работают, не будут полезными для вашего здоровья. Алекс Мерсер, главный герой оригинальной Prototype, познал всю глубину этой ошибки на собственном опыте, после заражения видоизменяющим вирусом, который дал ему практически богоподобные способности, чем и обратил на него гнев военных.
А теперь быстро отмотаем два года вперед к началу Prototype 2, где вторая вспышка вируса Мерсера угрожает поглотить Манхэттен. Военный капитан Джеймс Хеллер получает задание уничтожить Мерсера, но краткая встреча с человеком, чье имя носит страшнейший вирус всех времен, заканчивается для Хеллера заражением. Далее следует целый мир опасных приключений, где вы можете использовать вновь обретенные способности с пользой, чтобы свергнуть тираническое правление Черного Дозора и разоблачить государственное правление, виновное в создании очага заражения.